IGEM-2015
28 сентября завершился финал 12-го ежегодного Международного чемпионата по генной инженерии IGEM-2015. В чемпионате принимали участие более 280 команд из 39 стран мира - всего более 2700 человек. Проекты участников оценивались по критериям наличия работоспособного прототипа, добавление или улучшение какого-либо модуля из каталога BioBrick (http://parts.igem.org/Main_Page), оказание действенной помощи какой-либо другой команде-участнице.
Номинаций финалистов было довольно много - это и специализированное программное обеспечение, проекты в области промышленного производства, питания, образования, здравоохранения, защиты окружающей среды, и т.д.
Рассмотрим подробнее биомедицинские проекты чемпионата.
Победителями в номинации “Медицина и здравоохранение” стали 2 проекта - BGU_Israel из Университета Бен-Гуриона, Израиль (участники старше 23-х лет) и Czech_Republic из Университета Западной Богемии, Чехия (участники моложе 23-х лет).
Проект команды BGU_Israel посвящен разработке системы для выявления и уничтожения раковых клеток. Разработанная командой система “Бумеранг” предусматривает реагирование на два соединения, специфичных для раковых клеток, - белка сурвинин (его наличие в клетке запускает транскрипцию специфичной gРНК), и фермента теломеразы (наличие в клетке запускает транскрипцию комплекса Cas9). В зависимости от gРНК данная система может сигнализировать об обнаружении раковой клетки путем экспрессии флуоресцентных белков, или выделять в биологические жидкости специфичные маркеры, или же - нарушать деление раковой клетки и запускать ее самоубийство (апоптоз). Наличие одновременно двух необходимых для запуска системы факторов не позволит ей стартовать и уничтожать здоровые клетки. В качестве вектора доставки в проекте использовался аденоассоциированный вирус (AAV). Собственно, вирусологическая часть в проекте проработана слабее, и для какого-то (в теории) практического использования ребятам еще предстоит поработать с белками вирусного капсида и системой репликации. Команда BGU_Israel приводит ссылки на разработанный препарат Glybera http://www.ema.europa.eu/ema/index.jsp?curl=pages/medicines/human/medicines/002145/human_med_001480.jsp&mid=WC0b01ac058001d124, однако именно этот препарат использует природную тропность AAV к мышечным клеткам. В общем, с решением вопросов доставки и персонализации придется over 90% всей работы в будущем.
Проект команды Czech_Republic посвящен разработке репортерной системы для выявления циркулирующих опухолевых клеток в крови. Проблема с ЦОК в том, что их очень мало, окрасить и выявить их необычайно сложно даже в случае, если знать о каком типе онкологии идет речь ввиду сложных комбинаций поверхностных маркеров. Команда проекта IOD использовала оригинальную систему на основе межклеточной коммуникации дрожжей в пробирке. Наличие определенных рецепторов или трансмембранных белков на поверхности ЦОК запускает в модифицированных дрожжах экспрессию феромонов, заставляющих в процессе гаплоидного спаривания другие дрожжи разрастаться в направлении источника. В результате образовавшийся комочек дрожжей вокруг ЦОК становится видно даже невооруженным глазом, а дрожжевой фенотип позволяет идентифицировать, о какой онкологии может идти речь. Собственно, практическое использование элемента межклеточной коммуникации и определило победу команды.
Среди других команд-номинантов нужно отметить ETH_Zurich (система обнаружения ЦОК с помощью генноинженерных бактерий, реагирующих на повышенной продукцией лактата), Freiburg (система выявления антител в плазме крови человека), Stockholm (химерные бактериальные рецепторы для обнаружения биомаркеров онкологических заболеваний), Edinburgh (биосенсоры на основе иммобилизированных на бумаге ферментах), Peking (репортерная система на основе dCas9 для выявления патогенной ДНК оптическим детектором), Oxford (генноинженерные бактерии, выделяющие ферменты для разрушения биопленок), NJU-China (миРНК-терапия опиоидной зависимости, при этом для преодоления гематоэнцефалического барьера доставка осуществляется в RVG-ориентированных экзосомах).
28 сентября завершился финал 12-го ежегодного Международного чемпионата по генной инженерии IGEM-2015. В чемпионате принимали участие более 280 команд из 39 стран мира - всего более 2700 человек. Проекты участников оценивались по критериям наличия работоспособного прототипа, добавление или улучшение какого-либо модуля из каталога BioBrick (http://parts.igem.org/Main_Page), оказание действенной помощи какой-либо другой команде-участнице.
Номинаций финалистов было довольно много - это и специализированное программное обеспечение, проекты в области промышленного производства, питания, образования, здравоохранения, защиты окружающей среды, и т.д.
Рассмотрим подробнее биомедицинские проекты чемпионата.
Победителями в номинации “Медицина и здравоохранение” стали 2 проекта - BGU_Israel из Университета Бен-Гуриона, Израиль (участники старше 23-х лет) и Czech_Republic из Университета Западной Богемии, Чехия (участники моложе 23-х лет).
Проект команды BGU_Israel посвящен разработке системы для выявления и уничтожения раковых клеток. Разработанная командой система “Бумеранг” предусматривает реагирование на два соединения, специфичных для раковых клеток, - белка сурвинин (его наличие в клетке запускает транскрипцию специфичной gРНК), и фермента теломеразы (наличие в клетке запускает транскрипцию комплекса Cas9). В зависимости от gРНК данная система может сигнализировать об обнаружении раковой клетки путем экспрессии флуоресцентных белков, или выделять в биологические жидкости специфичные маркеры, или же - нарушать деление раковой клетки и запускать ее самоубийство (апоптоз). Наличие одновременно двух необходимых для запуска системы факторов не позволит ей стартовать и уничтожать здоровые клетки. В качестве вектора доставки в проекте использовался аденоассоциированный вирус (AAV). Собственно, вирусологическая часть в проекте проработана слабее, и для какого-то (в теории) практического использования ребятам еще предстоит поработать с белками вирусного капсида и системой репликации. Команда BGU_Israel приводит ссылки на разработанный препарат Glybera http://www.ema.europa.eu/ema/index.jsp?curl=pages/medicines/human/medicines/002145/human_med_001480.jsp&mid=WC0b01ac058001d124, однако именно этот препарат использует природную тропность AAV к мышечным клеткам. В общем, с решением вопросов доставки и персонализации придется over 90% всей работы в будущем.
Проект команды Czech_Republic посвящен разработке репортерной системы для выявления циркулирующих опухолевых клеток в крови. Проблема с ЦОК в том, что их очень мало, окрасить и выявить их необычайно сложно даже в случае, если знать о каком типе онкологии идет речь ввиду сложных комбинаций поверхностных маркеров. Команда проекта IOD использовала оригинальную систему на основе межклеточной коммуникации дрожжей в пробирке. Наличие определенных рецепторов или трансмембранных белков на поверхности ЦОК запускает в модифицированных дрожжах экспрессию феромонов, заставляющих в процессе гаплоидного спаривания другие дрожжи разрастаться в направлении источника. В результате образовавшийся комочек дрожжей вокруг ЦОК становится видно даже невооруженным глазом, а дрожжевой фенотип позволяет идентифицировать, о какой онкологии может идти речь. Собственно, практическое использование элемента межклеточной коммуникации и определило победу команды.
Среди других команд-номинантов нужно отметить ETH_Zurich (система обнаружения ЦОК с помощью генноинженерных бактерий, реагирующих на повышенной продукцией лактата), Freiburg (система выявления антител в плазме крови человека), Stockholm (химерные бактериальные рецепторы для обнаружения биомаркеров онкологических заболеваний), Edinburgh (биосенсоры на основе иммобилизированных на бумаге ферментах), Peking (репортерная система на основе dCas9 для выявления патогенной ДНК оптическим детектором), Oxford (генноинженерные бактерии, выделяющие ферменты для разрушения биопленок), NJU-China (миРНК-терапия опиоидной зависимости, при этом для преодоления гематоэнцефалического барьера доставка осуществляется в RVG-ориентированных экзосомах).
IGEM-2015
On September 28, the final of the 12th annual IGEM-2015 International Genetic Engineering Championship was completed. More than 280 teams from 39 countries of the world took part in the championship - more than 2,700 people in total. Participants' projects were assessed by the criteria for having a workable prototype, adding or improving a module from the BioBrick catalog (http://parts.igem.org/Main_Page), and providing effective assistance to any other participating team.
There were quite a few finalists nominations - these are specialized software, projects in the field of industrial production, nutrition, education, health care, environmental protection, etc.
Let's take a closer look at the biomedical championship projects.
The winners in the category “Medicine and Healthcare” were 2 projects - BGU_Israel from Ben-Gurion University, Israel (participants over 23 years old) and Czech_Republic from the University of Western Bohemia, Czech Republic (participants under 23 years old).
The project of the BGU_Israel team is dedicated to developing a system for identifying and destroying cancer cells. The Boomerang system developed by the team provides for the response to two compounds specific for cancer cells - survinin protein (its presence in the cell triggers the transcription of specific gRNA) and the enzyme telomerase (the presence in the cell triggers the transcription of the Cas9 complex). Depending on the gRNA, this system can signal the detection of a cancer cell by expressing fluorescent proteins, or release specific markers in biological fluids, or else disrupt the division of the cancer cell and start its suicide (apoptosis). The presence of two factors simultaneously necessary for the launch of the system will not allow it to start and destroy healthy cells. Adeno-associated virus (AAV) was used as a delivery vector in the project. Actually, the virological part of the project is less developed, and for some (in theory) practical use, the guys still have to work with viral capsid proteins and the replication system. The BGU_Israel team provides links to the developed drug Glybera http://www.ema.europa.eu/ema/index.jsp?curl=pages/medicines/human/medicines/002145/human_med_001480.jsp&mid=WC0b01ac058001d124, but this drug uses natural AAV tropism to muscle cells. In general, with the decision of issues of delivery and personalization will have over 90% of all work in the future.
The project of the Czech_Republic team is dedicated to the development of a reporter system for detecting circulating tumor cells in the blood. The problem with CSC is that there are very few of them; it is extremely difficult to color and reveal them, even if you know what type of oncology is involved due to the complex combinations of surface markers. The IOD project team used the original system based on the intercellular communication of yeast in vitro. The presence of certain receptors or transmembrane proteins on the CSC surface triggers the expression of pheromones in the modified yeast, causing other yeasts to grow in the direction of the source in the process of haploid mating. As a result, the formed lump of yeast around the CSC can be seen even with the naked eye, and the yeast phenotype makes it possible to identify which oncology may be involved. Actually, the practical use of the element of intercellular communication determined the victory of the team.
Other nominee teams include ETH_Zurich (CSC detection system using genetically engineered bacteria that respond to increased lactate production), Freiburg (antibody detection system in human blood plasma), Stockholm (chimeric bacterial receptors for cancer biomarker detection), Edinburgh (biosensors based on paper-immobilized enzymes), Peking (dCas9-based reporter system for detecting pathogenic DNA with an optical detector), Oxford (genetically engineered bacteria that produce enzymes for destruction biofilms), NJU-China (miRNA therapy of opioid dependence, while to overcome the blood-brain barrier delivery is carried out in RVG-oriented exosomes).
On September 28, the final of the 12th annual IGEM-2015 International Genetic Engineering Championship was completed. More than 280 teams from 39 countries of the world took part in the championship - more than 2,700 people in total. Participants' projects were assessed by the criteria for having a workable prototype, adding or improving a module from the BioBrick catalog (http://parts.igem.org/Main_Page), and providing effective assistance to any other participating team.
There were quite a few finalists nominations - these are specialized software, projects in the field of industrial production, nutrition, education, health care, environmental protection, etc.
Let's take a closer look at the biomedical championship projects.
The winners in the category “Medicine and Healthcare” were 2 projects - BGU_Israel from Ben-Gurion University, Israel (participants over 23 years old) and Czech_Republic from the University of Western Bohemia, Czech Republic (participants under 23 years old).
The project of the BGU_Israel team is dedicated to developing a system for identifying and destroying cancer cells. The Boomerang system developed by the team provides for the response to two compounds specific for cancer cells - survinin protein (its presence in the cell triggers the transcription of specific gRNA) and the enzyme telomerase (the presence in the cell triggers the transcription of the Cas9 complex). Depending on the gRNA, this system can signal the detection of a cancer cell by expressing fluorescent proteins, or release specific markers in biological fluids, or else disrupt the division of the cancer cell and start its suicide (apoptosis). The presence of two factors simultaneously necessary for the launch of the system will not allow it to start and destroy healthy cells. Adeno-associated virus (AAV) was used as a delivery vector in the project. Actually, the virological part of the project is less developed, and for some (in theory) practical use, the guys still have to work with viral capsid proteins and the replication system. The BGU_Israel team provides links to the developed drug Glybera http://www.ema.europa.eu/ema/index.jsp?curl=pages/medicines/human/medicines/002145/human_med_001480.jsp&mid=WC0b01ac058001d124, but this drug uses natural AAV tropism to muscle cells. In general, with the decision of issues of delivery and personalization will have over 90% of all work in the future.
The project of the Czech_Republic team is dedicated to the development of a reporter system for detecting circulating tumor cells in the blood. The problem with CSC is that there are very few of them; it is extremely difficult to color and reveal them, even if you know what type of oncology is involved due to the complex combinations of surface markers. The IOD project team used the original system based on the intercellular communication of yeast in vitro. The presence of certain receptors or transmembrane proteins on the CSC surface triggers the expression of pheromones in the modified yeast, causing other yeasts to grow in the direction of the source in the process of haploid mating. As a result, the formed lump of yeast around the CSC can be seen even with the naked eye, and the yeast phenotype makes it possible to identify which oncology may be involved. Actually, the practical use of the element of intercellular communication determined the victory of the team.
Other nominee teams include ETH_Zurich (CSC detection system using genetically engineered bacteria that respond to increased lactate production), Freiburg (antibody detection system in human blood plasma), Stockholm (chimeric bacterial receptors for cancer biomarker detection), Edinburgh (biosensors based on paper-immobilized enzymes), Peking (dCas9-based reporter system for detecting pathogenic DNA with an optical detector), Oxford (genetically engineered bacteria that produce enzymes for destruction biofilms), NJU-China (miRNA therapy of opioid dependence, while to overcome the blood-brain barrier delivery is carried out in RVG-oriented exosomes).
У записи 7 лайков,
1 репостов.
1 репостов.
Эту запись оставил(а) на своей стене Илья Клабуков
