Друзья, приветствую всех вас.
На фоне того, что происходит сейчас в штатах случилось очень важное для меня событие. Неделю назад я получил позицию в институте Аллана в Сиэтле (https://www.alleninstitute.org/). Помимо того, что это очень красивое место с современной архитектурой (смотрите видео), люди в нем занимаются действительно потрясающими вещами.
Например, этим летом они представили для всех нейроученых мира доступ к данным зрительной коры мыши, когда она смотрит на различные стимулы на экране (https://www.youtube.com/watch?v=056x1RTyB_M). До этого базы данных такого размера никто не выкладывал в открытый доступ. Связано это, по-видимому, с общей системой финансирования науки в современном мире, которая зачастую препятствует совместной работе, но отдельная тема для долгого разговора. Выложенные институтом Аллана данные помогут ученым всего мира лучше понять как обрабатывается зрительная информация в мозге на примере зрения. Я уже рассказывал, как в этом году был на выездном семинаре на островах San Juan в поселке Friday Harbour (https://www.facebook.com/anat.buchin/posts/1386958231319058), где мы как раз работали с этими данными. Наш небольшой проект пока не завершен, но я надеюсь, что скоро мы его закончим и опубликуем.
Так вот, совсем недавно в институте Аллана открылось новое направление по исследованию эпилепсии, что непосредственно подходит моей специализации. Мы собираемся строить подробные модели сетей мозга гиппокампа и коры для того, чтобы лучше понять как генерируется и распространяется эпилептические приступы. Как и в моем проекте во время PhD, работать я буду с данными, полученными от людей, страдающими эпилептическими приступами. В случае, когда никакие лекарства не помогают, эпилептогенный участок мозга зачастую вырезают, чтобы остановить приступы. Это позволяет в дальнейшем проводит эксперименты на такой ткани, чтобы лучше понять что именно не в порядке и почему она становиться эпилептогенной.
В ближайшей перспективе эти данные вместе с моделированием смогут нам помочь понять то, каким образом мы можем контролировать возбудимость сетей нейронов с помощью электрической стимуляции мозга с помощью вживленных электродов. Это должно помочь сделать сети нейронов мозга менее эпилептогенным. Помимо производства самой науки в форме публикаций, важной частью работы института Аллана является так называемая открытая наука. Это значит, что базы данных, а также код для их обработки и моделирования будут выложены в открытый доступ. Таким образом, наша работа будет полезна не только тем, кто будет непосредственно читать наши статьи, а также всем, кто захочет провести их собственный анализ или использовать построенные модели для других целей. Все результаты нашей работы будут выкладываться в форме Python Notebook для того, чтобы любой желающий смог воспроизвести полученные результаты. Конечно, для запуска некоторых моделей и проведения некоторых видов анализа могут понадобиться высокопроизводительные кластеры, но это не должно стать проблемой для тех, кто будет в этом заинтересован.
Деталей о моей новой работе пока немного, начаться она должна где-то через месяц, как только изменится статус моей визы. Но я уже с нетерпением этого жду. Конечно, это значит, что в Сиэтле я останусь на более долгое время, чем изначально планировал. Однако, ради таких проектов хочется работать именно здесь.
https://www.youtube.com/watch?v=LWLNzPbvX-I
#нейротоля
На фоне того, что происходит сейчас в штатах случилось очень важное для меня событие. Неделю назад я получил позицию в институте Аллана в Сиэтле (https://www.alleninstitute.org/). Помимо того, что это очень красивое место с современной архитектурой (смотрите видео), люди в нем занимаются действительно потрясающими вещами.
Например, этим летом они представили для всех нейроученых мира доступ к данным зрительной коры мыши, когда она смотрит на различные стимулы на экране (https://www.youtube.com/watch?v=056x1RTyB_M). До этого базы данных такого размера никто не выкладывал в открытый доступ. Связано это, по-видимому, с общей системой финансирования науки в современном мире, которая зачастую препятствует совместной работе, но отдельная тема для долгого разговора. Выложенные институтом Аллана данные помогут ученым всего мира лучше понять как обрабатывается зрительная информация в мозге на примере зрения. Я уже рассказывал, как в этом году был на выездном семинаре на островах San Juan в поселке Friday Harbour (https://www.facebook.com/anat.buchin/posts/1386958231319058), где мы как раз работали с этими данными. Наш небольшой проект пока не завершен, но я надеюсь, что скоро мы его закончим и опубликуем.
Так вот, совсем недавно в институте Аллана открылось новое направление по исследованию эпилепсии, что непосредственно подходит моей специализации. Мы собираемся строить подробные модели сетей мозга гиппокампа и коры для того, чтобы лучше понять как генерируется и распространяется эпилептические приступы. Как и в моем проекте во время PhD, работать я буду с данными, полученными от людей, страдающими эпилептическими приступами. В случае, когда никакие лекарства не помогают, эпилептогенный участок мозга зачастую вырезают, чтобы остановить приступы. Это позволяет в дальнейшем проводит эксперименты на такой ткани, чтобы лучше понять что именно не в порядке и почему она становиться эпилептогенной.
В ближайшей перспективе эти данные вместе с моделированием смогут нам помочь понять то, каким образом мы можем контролировать возбудимость сетей нейронов с помощью электрической стимуляции мозга с помощью вживленных электродов. Это должно помочь сделать сети нейронов мозга менее эпилептогенным. Помимо производства самой науки в форме публикаций, важной частью работы института Аллана является так называемая открытая наука. Это значит, что базы данных, а также код для их обработки и моделирования будут выложены в открытый доступ. Таким образом, наша работа будет полезна не только тем, кто будет непосредственно читать наши статьи, а также всем, кто захочет провести их собственный анализ или использовать построенные модели для других целей. Все результаты нашей работы будут выкладываться в форме Python Notebook для того, чтобы любой желающий смог воспроизвести полученные результаты. Конечно, для запуска некоторых моделей и проведения некоторых видов анализа могут понадобиться высокопроизводительные кластеры, но это не должно стать проблемой для тех, кто будет в этом заинтересован.
Деталей о моей новой работе пока немного, начаться она должна где-то через месяц, как только изменится статус моей визы. Но я уже с нетерпением этого жду. Конечно, это значит, что в Сиэтле я останусь на более долгое время, чем изначально планировал. Однако, ради таких проектов хочется работать именно здесь.
https://www.youtube.com/watch?v=LWLNzPbvX-I
#нейротоля
Friends, I greet you all.
Against the background of what is happening now in the states, a very important event happened for me. A week ago, I got a position at the Allan Institute in Seattle (https://www.alleninstitute.org/). Besides the fact that this is a very beautiful place with modern architecture (watch the video), people in it are engaged in really amazing things.
For example, this summer they presented for all neuroscientists of the world access to the data of the visual cortex of the mouse when it looks at various stimuli on the screen (https://www.youtube.com/watch?v=056x1RTyB_M). Prior to this, a database of this size has not been uploaded to the public. This is apparently due to the general system of financing science in the modern world, which often hinders collaboration, but is a separate topic for a long conversation. The data laid out by the Allan Institute will help scientists around the world better understand how visual information is processed in the brain using the example of vision. I already told you how this year I attended a field seminar on the San Juan Islands in Friday Harbor (https://www.facebook.com/anat.buchin/posts/1386958231319058), where we worked with these data. Our small project has not yet been completed, but I hope that we will finish it and publish it soon.
So, more recently, a new direction in the study of epilepsy has opened at the Allan Institute, which directly suits my specialization. We are going to build detailed models of the networks of the hippocampus brain and cortex in order to better understand how epileptic seizures are generated and distributed. As in my project during PhD, I will work with data from people suffering from epileptic seizures. In the event that no medication helps, the epileptogenic part of the brain is often cut out to stop the attacks. This allows further experiments on such tissue in order to better understand what exactly is not in order and why it becomes epileptogenic.
In the near future, these data, together with modeling, will help us understand how we can control the excitability of neuron networks using electrical stimulation of the brain using implanted electrodes. This should help make the network of brain neurons less epileptogenic. In addition to producing science itself in the form of publications, an important part of the work of the Allan Institute is the so-called open science. This means that the databases, as well as the code for their processing and modeling, will be made publicly available. Thus, our work will be useful not only to those who will directly read our articles, but also to anyone who wants to conduct their own analysis or use the constructed models for other purposes. All the results of our work will be laid out in the form of a Python Notebook so that anyone can reproduce the results. Of course, high-performance clusters may be necessary to run some models and conduct some types of analysis, but this should not be a problem for those who are interested in this.
There is still little detail about my new job, it should start somewhere in a month, as soon as the status of my visa changes. But I am already looking forward to it. Of course, this means that I will stay in Seattle for a longer time than originally planned. However, for the sake of such projects, I want to work here.
https://www.youtube.com/watch?v=LWLNzPbvX-I
# neurotol
Against the background of what is happening now in the states, a very important event happened for me. A week ago, I got a position at the Allan Institute in Seattle (https://www.alleninstitute.org/). Besides the fact that this is a very beautiful place with modern architecture (watch the video), people in it are engaged in really amazing things.
For example, this summer they presented for all neuroscientists of the world access to the data of the visual cortex of the mouse when it looks at various stimuli on the screen (https://www.youtube.com/watch?v=056x1RTyB_M). Prior to this, a database of this size has not been uploaded to the public. This is apparently due to the general system of financing science in the modern world, which often hinders collaboration, but is a separate topic for a long conversation. The data laid out by the Allan Institute will help scientists around the world better understand how visual information is processed in the brain using the example of vision. I already told you how this year I attended a field seminar on the San Juan Islands in Friday Harbor (https://www.facebook.com/anat.buchin/posts/1386958231319058), where we worked with these data. Our small project has not yet been completed, but I hope that we will finish it and publish it soon.
So, more recently, a new direction in the study of epilepsy has opened at the Allan Institute, which directly suits my specialization. We are going to build detailed models of the networks of the hippocampus brain and cortex in order to better understand how epileptic seizures are generated and distributed. As in my project during PhD, I will work with data from people suffering from epileptic seizures. In the event that no medication helps, the epileptogenic part of the brain is often cut out to stop the attacks. This allows further experiments on such tissue in order to better understand what exactly is not in order and why it becomes epileptogenic.
In the near future, these data, together with modeling, will help us understand how we can control the excitability of neuron networks using electrical stimulation of the brain using implanted electrodes. This should help make the network of brain neurons less epileptogenic. In addition to producing science itself in the form of publications, an important part of the work of the Allan Institute is the so-called open science. This means that the databases, as well as the code for their processing and modeling, will be made publicly available. Thus, our work will be useful not only to those who will directly read our articles, but also to anyone who wants to conduct their own analysis or use the constructed models for other purposes. All the results of our work will be laid out in the form of a Python Notebook so that anyone can reproduce the results. Of course, high-performance clusters may be necessary to run some models and conduct some types of analysis, but this should not be a problem for those who are interested in this.
There is still little detail about my new job, it should start somewhere in a month, as soon as the status of my visa changes. But I am already looking forward to it. Of course, this means that I will stay in Seattle for a longer time than originally planned. However, for the sake of such projects, I want to work here.
https://www.youtube.com/watch?v=LWLNzPbvX-I
# neurotol
У записи 44 лайков,
3 репостов,
973 просмотров.
3 репостов,
973 просмотров.
Эту запись оставил(а) на своей стене Анатолий Бучин
